Tengo entendido que el root se te quitará una vez actualices, pero no que debas quitártelo para poder actualizar (si no me equivoco).
Lo que si necesitas es:
1) El recovery de las stock roms.
2) Descargarte esto :
http://d-h.st/H8G y extraerlo al escritorio. Una vez extraído, te vas a /data y le copias dentro el recovery que pone en el mensaje. Una vez dentro de ella, pulsa "ctrl + shift" y click derecho para abrir una ventana de comandos.
3) Pones el teléfono en fastboot (vol- y power con el teléfono completamente apagado, es decir, espera unos 5 segundos una vez le hayas pulsado "apagar") y escribes fastboot flash recovery NOMBRE DEL RECOVERY.img
Reinicias y ya te debería dejar instalar el update.
Un saludo
PD: No, todavía no existe ninguna manera de cambiar el CID del teléfono (se necesita tener el móvil S-OFF y todavía no es posible).