Hay programas que hacen copia de esa carpeta como el galaxy s unlock, si lo has utilizado para liberar el telefono lo normal es que tengáis copia de la carpeta "efs" dentro de la carpeta "galaxy s unlock", y a mi en la sd también me ha aparecido una carpeta "bakup" que no se de donde ha aparecido... que dentro también esta la copia.
De todas maneras primero asegurate de que realmente tienes problemas de imei.
Entra en ajustes del sistema/información del teléfono/estado ahí te pone el numero de imei si empieza por 35 creo que esta bien.