El root se pierde pero se recupera con vodoo rootkeper por ej.
Si tienes custom recovery te dara error la OTA al actualizar.
La ota solo se hace bien si no has tocado nada del sistema, ni recovery, ni kernel, ni nada, todo stock, el root se puede hacer sin tocar nada de eso asique por ser solo root no hay problema, si se pierde se vuelve a hacer.
Hablo desde mi experiencia de la nexus10, supongo que el 4 sera lo mismo
