El update es eso precisamente, una actualización, esto quiere decir que esa actualización no lleva todo el sistema operativo, sino solo los cambios. Por eso precisamente, antes de instalar nada y fastidiar el teléfono, la actualización comprueba que tiene todo lo que tiene que tener en el estado que lo tiene que tener, y tú, como has tocado el kernel, no lo tienes y no actualiza.
Yo te recomendaría si quieres actualizar, dejar el móvil con la 4.2.1 "stock" y luego actualizar, mira aquí:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=525863
Saludos