A mi lo de las carpetas vacias me aparece cuando la aplicación con las que las miro no está con derechos de root. en linux pasa igual o incluso a veces no te deja entrar en la carpeta.

Puedes hacer dos cosas, cambiar las propiedades de la carpeta para que sea accesible a todo cristo (rwxrwxrwx) o bien dar derechos de root a la aplicación que transfiere esos archivos (creo que el proceso era un com.transfer.noseque que se mantiene en segundo plano).

P.D: A, se me olvido, ¿tienes el titanium Backup con derechos de superusuario o root?

Suerte.