Las app se instalan en /data/app, las de /system/app son de sistema y son particiones distintas de la memoria interna. Por mucho que se borre de system no lograreis mas memoria para instalar app en data ya que aqui android no modifica ni instala ninguna aplicacion.
De echo si una app se actualiza desde Gplay y esta originalmente instalada en /system/app tendreis la antigua aqui y la nueva que sera la que arranque a partir de ahora en /data/app. Vamos que estaran repetidas aunque una ya no funciones.
Esto pasa mucho en las Stock por llevar app como de sistema que son de google en principio de usuario (/data/app) y se actualizan a menudo (Gmail, map, youtube, etc...)