En el recovery tienes la opción de hacer un Nandroid backup. Copia tu rom tal cual la tienes (aplicaciones y datos). Siempre se recomienda hacer uno antes de flashear una nueva rom.
Para flashear una actualización supongo que lo harás así: haz un Nandroid backup por si acaso. Descarga la versión de la rom y guardala en una carpeta en la sd card (para ello yo uso el root explorer). Una vez hecho esto reinicia en recovery (combinación botón abajo+encendido o con la aplicación quick boot por ejemplo). Si es una actualización haz wipe caché y dalvik caché y reinicia. No te borra datos y debería estar ya.
Segunda forma de flashear: mediante la aplicación goomanager. Te indica si hay alguna actualización de tu rom, permite descargala (a la carpeta de la sd goomanager), indicar los wipes que quieres hacer y ella hace todo el proceso.
Suerte y bienvenido al mundo del flasheo de roms.
