En JB no puedes hacer root con ese programa. Para solucionarlo deberás volver a ics, hacer root y actualizar. Hay un tutorial en el subforo de roms. La otra opción y más fácil es meterle una rom modificada. Este proceso conlleva la pérdida teórica de la garantía. Así que cuidado, porque perder la garantía si que es un verdadero coñazo.
Saludos