No, simplemente que eliminaría la app de supersu y los binarios del root, las aplicaciones que necesiten de esos privilegios dejarán de funcionar. Pero las modificaciones ya realizadas en el terminal, bien iconos, bootanimations, eliminación de app de serie... O lo que sea seguirán así.
Si lo que quieres es devolver el terminal a stock, deberías de cargar el nandroidbackup que se hizo o debería haberse hecho al instalar el mod del recovery (si lo tienes, sino cargando el de algún donante)y volver a instalar el recovery stock. Es la única manera de volver a tener todo stock y poder recibir updates en el futuro.