No, no hacen la misma función desde la opción que trae el móvil que desde Link2sd.
El móvil te va a pasar las apps movibles a la SD, pero sólo las que por defecto son movibles, y Link2sd te va a mover todas las apps que tu quieras a la partición ext. que la hemos creado exactamente para eso.
Y sobre apps de ahorro de batería no sé... Yo no uso ninguna porque de momento estoy satisfecho con la duración de la misma. Todos los dispositivos andan mas o menos igual con la duración.