Has borrado los datos de HTC sense? Una vez instalada la R3 (siguiendo el manual paso a paso) debes de entrar en configuración, aplicaciones, todas, busca HTC sense y borrar datos. No deberías tener mayor problema. Para instalar cualquier MOD basta con instalarlo desde el recovery como si de una ROM se tratara, hay quién dice que no, pero yo siempre recomiendo wipe caché, y Dalvik caché antes de instalar algún MOD. Espero haberte servido de ayuda. Un saludo!