¿Tienes el Bootloader desbloqueado?
Al tener un Recovery distinto al de serie he supuesto que el Bootloader lo tenías desbloqueado.
Para desbloquearlo opción 3 del Nexus Toolkit.
Si desenchúfalo, cierra el Toolkit, vuélvelo a abrir (sin conectar el Nexus), elige una versión, y le das a la "x" para salir del Toolkit. (Esto es para cerrar el proceso abierto del Toolkit en el pc).
Y realiza el paso 3 y después el paso que te había comentado antes.
Tranquilo que no ha pasado nada, porque no ha empezado a haber conexión entre el PC y el Nexus.
Simplemente es que el Nexus está "bloqueando" al pc.
Un saludo!!
