Hola!
supongo que ya tenes el active sync instalado asi que nos salteamos ese paso y haces lo siguiente:
-conectar el dispositivo por usb (se ejecuta active sync)
-ejecutar el instalador que te bajaste desde la pc del escritorio
-esperar que termine la instalacion dentro de la pc
-esperar que termine la instalacion en la pocket pc
-puede que te pida reiniciar (la pocket pc)
creo que sucede de esa manera si mal no recuerdo
saludos
atte
drchocho