Pues la verdad es que nunca he llegao a esa situacion, mis pocas pruebas con sqlite siempre has sido usando una tabla por vez, aunque el proyecto tenga varias.
Hacerlo seguro que se puede hacer de una manera u otra pero yo no sabria decirte, haber si alguien que le pegue al tema lee esto.
Te recomiendo que te pases por la documentacion de SQLite, igual ahi encuentras lo que quieres.