Buenas, yo uso Cyanogenmod 4.2.11.1 y la version de contactos que usa (posteo link al final del mensaje) permite ocultar los numeros llamdos frecuentemente. Segun el link el cual acabo de revisar indica que la ultima versión ya permite eliminar los numeros llamados.
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=599194