Intentar dejar el mobil un rato cargando! Unas dos horas ( dejarlo mas! ) lo deje yo cargando, la primera vez que me paso! ( el primer dia que lo tube! Venia de ios )
Comprobar que se hayan instalado bien los drivers de flashmode y xperia s!
Probar a cambiar de puerto usb!
Si usais windows 7 u 8, probar a abrirlo en modo windows xp! Clicais encima de flashtool con boton derecho, y a propiedades! Hay cambiais que abra en windows xp!
Probar a borrar todo lo relaccionado con flashtool, bajaros la ultima version, y instalarla con sus respectivos drivers que encontreis en el foro!
Si aun asi no funciona nada! Comentarlo!
Un saludo!