Es que los pongo en la memoria interna directamente

Te cuento como me queda la estructura:
Primero formateo la memoria interna y luego copio y pego todos los elementos de la siguiente manera:
Almacenamiento interno/AndroidApps
Almacenamiento interno/conf
·······························|- eclair.user.conf
·······························|- eclair.user.conf~
Almacenamiento interno/media
································|- audio
································|····|- alarms (archivos *.ogg y *.mp3)
································|··· |- notifications (archivos *.ogg y *.mp3)
································|··· |- ringtones (archivos *.ogg)
································|- resource (archivos *.png)
Almacenamiento interno/calibration
Almacenamiento interno/haret.exe
Almacenamiento interno/initrd.gz
Almacenamiento interno/modules-2.6.27-00670-ge0a965b.tar.gz
Almacenamiento interno/rootfs.img
Almacenamiento interno/startup.txt
Almacenamiento interno/system.sqsh
Almacenamiento interno/zImage
Este es el arbol del almacenamiento interno después de haber formateado y copiado todos los archivos. Lo dejo todo bien limpio, solo pongo los archivos de Android.
Espero me puedas ayudar, haver si es que lo estoy haciendo mal.
Saludos y gracias!