Seguramente cuando reinicies recuperarás esos megas.
El almacenamiento del sistema es la carpeta "/data" que es donde se instalan las apps, el almacenamiento USB es la partición de la memoria interna destinado a almacenar ficheros "/mnt/sdcard", es decir las fotos y videos que grabas, lo que te descargas, así como donde están las carpetas que generan las aplicaciones (con ficheros de logs, cachés, copias de seguridad, miniaturas, etc).