Podría valerte el Nexus, pero he de decirte que la autonomía te llegará a un día, no a dos... sólo esperamos que en la siguiente versión de android venga más optimizado y nos de un uso más "economico de energía".
La cámara, igual que lo anterior, puede que en la siguiente versión de android venga más optimizada y tenga más calidad.
En cuanto a almacenamiento, 12,92Gb tienes libre para lo que quieras.
Funda debes ponerle sí o sí, al menos te lo aconsejo, no agranda mucho el móvil, casi nada, pero la seguridad que tiene lo ganas en tranquilidad.
En cuanto a personalización, es android... hay miles de aplicaciones para personalizarlo, asi que eso no es un punto en contra cuando hablamos de android...
Yo no he tenido un Note II y no puedo opinar en cuanto a diferencias, sólo puedo decir lo que conozco y aportar mis conocimientos con el Nexus en la mano.
Un saludo.