Joer... vaya duda existencial... ahí le has dado. Yo creo que el backup te lo restaura aunque no tengas la misma versión de cwm, pero no estoy seguro. Sólo sería cuestión de hacer la prueba... yo siempre que restauro lo hago con la opción restore (general). No suelo entrar en restore avanzado. De todas maneras, data son las aplicaciones que tú metes. System es el sistema operativo de la propia rom con las aplicaciones de la propia rom. El kernel es el kernel. El caché ya no sé si es realmente necesario.
A ver si te ayuda y ya nos contarás si se puede o no se puede restaurar desde un cwm diferente, pero sigo pensando que sí que se tiene que poder.