Guardate los archivos EFS y listo...
Haz una copia con Ktool -
Descargar
Para hacer la copia -
Ver manual
Es simple de hacer.
Más cosas, eso que comentas, te formate el sistema... por lo que para meter una rom, deberás antes, instalar por odin una stock, y ya luego, hacer el root, y meterle la rom (no olvides a poner una rom, pasar el limpiador)
Dicho esto, espero haberte ayudado en algo ;)