Cuando flaseas una nueva rom es como formatear, todos los programas instalados se pierden y debes volver a hacerlo.
Si tienes programas instalados en la tarjeta de almacenamiento, a veces con volver a crear un acceso directo y colocarlo en el menu de inicio es suficiente para que vuelvan a funcionar como antes.
Por supuesto, las configuraciones las pierdes.
Saludos