No lo pongas desde light flow, para algo esta la opcion en whattsapp, si ya has modificado la del whattsapp y lo haces desde lightflow, no te saldrá ningún led(o almenos no con el color que quieres)
Simplemente, desde light flow desactiva el led del whattsapp y en el whattsapp configura el led de nuevo
A mi me paso lo mismo con el light manager(que es un programa igual, asi que imagino que sera lo mismo)y de esta forma lo arregle