Pues entonces es el java. Mira por el hilo que ponen varias soluciones al problema de Java. En muchos casos tenéis el Java, pero no correctamente funcionando.
Cuando ejecutes los pasos del theme editor, mira a ver cuando pone "decompilando SystemUI" si en la carpeta proyect tienes una de systemui_decompiled con todo. Debe ser cuando acaba ese proceso y hace pausa.
