Salvo contadas excepciones cualquier app de usuario funciona como de sistema (y viceversa aunque de sisten a data es mas facil que fallen). Una opcion muy buena es que en el mismo zip se incluyan tambien los sustitutos y si se quiere aprobechar el espacio en /system/app dejados por las que se borran poner las nuevas ahi.
Ojo con esto que luego esta "la letra pequeña". En caso de actualizacion de la app tendras la version mas antigua en /system/app y la nueva que es la que arrancara en /data/app (vamos que aunque la vieja no arranque mas, estara ocupando espacion en las 2 particiones).
Esto es mas como informacion ya que si se sabe hacer un script de este tipo tambien se sabe como volver a poner la nueva en /system/app.
A mano (tanto desde root explorer o titanium backup con la opcion integrar actualizacion en /system o en ROM, que ahora no me acuerdo), sustituyendola de nuevo en el zip para el proximo flasheo (si se actualiza a diario, eso si no olvideis deshaceros del .apk de /data), etc...
Por ultimo es raro pero ya ha pasado algun caso aislado que alguna app en /system/app al actualizar desde Gplay dar error y tener que borrar esta, caches, datos... luego reiniciar y volver a instalar sin problema. Eso si ya digo que son casos muy aislados y que yo recuerde solo ocurrio con una actualizacion de Map y alguna otra mas hace ya mucho tiempo, google lo sabe y creo que aprendio la leccion con lo que a dia de hoy es muy, muy, muy... raro que vuelva a suceder este caso.
