Desde 4.1.1 el sistema identifica cualquier modificacion.
Si tienes root, si tienes kernel o recovery modififcado el sistema lo sabrá y te pondra como modificado y adios ota.
En el foro del sgs3 hay un truco de como dejarlo bien con root. Pero quien sabe si funcione con el sgs2.
Por cierto, este tem esta repetido
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=539623 aunque la solucion que plantea es muy complicada.