Yo hace mucho que uso FullScreen Toggle, y nunca he notado ningún tipo de variación del color en la zona donde deberían estar ubicados los botones.
¿Supongo que lo tienes actualizado, no? El fullscreen me refiero. Sinó podemos buscar que seguro que hay alguna alternativa a a esta aplicacion.
¿Has probado si viendo algo a pantalla completa también se observa este efecto?
Tambien se me ocurre (quizá diga una tonteria) que si ha estado el galaxy nexus mucho tiempo con los botones negros se acabe por degradar la imagen. No se si se pueden quemar estos tipos de pantalla y dejar la sombra de lo que se veía antes.