Desde Android Jelly Bean existe la posibilidad de crear cuentas de usuario para un dispositivo, por ahora solo funciona en tablets aunque puedes activarlo en un smartphone si tienes root.
La carpeta 0 se usa para la primera cuenta usuario, lo que pasa que Android emula la carpeta 0 como si fuera la carpeta raíz de la memoria interna, por eso en algunos navegadores de ficheros (como puede ser Root Explorer) muestran esa ruta.
Si creas otro usuario pasaría lo mismo pero internamente la carpeta se llamaría 1, y así sucesivamente...
Resumiendo: si quieres restaurar la copia del Titanium Backup debes introducir los archivos en la carpeta 0/clockworkmod/backup.
En el recovery seguramente debas entrar dentro de la carpeta 0 como si fuera la raíz. Por otra parte al conectarlo por USB al ordenador seguramente no te aparezca la carpeta 0, ya que directamente la que te aparezca será la 0 emulada como si fuera la raíz.
Recordar también que desde los propios ajustes del Titanium Backup puedes cambiar la ruta de la carpeta donde se encuentran los archivos del backup, es mas cómodo que ir moviendo cientos de archivos.
No se si me he explicado correctamente como para que lo entiendas o si te he liado mas.
Pero me imagino que tus problemas se deben originar por ignorar esa información acerca de la distribución de carpetas y usuarios en Android 4.2 Jelly Bean.
A mi me pasaba lo mismo al principio de poner ROMs 4.2 me volvía loco con el tema de la carpeta 0, la eliminaba pensando que era algún tipo de copia de seguridad de los datos anteriores. Movía los archivos y borrada la carpeta 0 y después nada funcionaba correctamente
Saludos!