Los wipes son borrados, y se hacen desde el custom recovery (CWM) necesitas descargarlo y guardarlo en la SD y acceder a el manteniendo precionado los botones de encendido, +, volumen+, +, home, y dentro te aparecerán varios wipes, eso hace que se borre todo, pero si ya hiciste el restaurado de fábrica ya no es necesario.
Yo te recomiendo que las actualizaciones las hagas desde odín, es mucho más fácil y rápido, y no se a que te refieres en cuanto a que la configuración del wifi no se borra.