Hola,
Como tu creo que todos que queremos cambiar de rom y darle un lavado de cara a nuestro mini hemos tenido al principio nuestras dudas:
los wipe te borran toda la info interna del telefono (no sd)
lo delos datos del operador no estoy muy seguro ya que cuando instalo una rom basada en CM7 tengo que configurar los datos del operador, pero cuando instalo rom basada en CM9 o CM10 se configura automaticamente.
y para lo de las aplicaciones siempre he usado el go backup, pero siempre se recomienda intalar las app desde cero sin restauracion ni nada.
espero te sirva de algo