Lo del whatapp para que no te descargue las fotos automáticamente tampoco se hacerlo, el resto tienes que aceptarlo.
Rootearlo sirve para tener todos los permisos disponibles, borrar cualquier aplicación, manejar frecuencias, algunas apps, etc... Cuestión de gustos, aunque recomendable, no lo he visto nunca necesario, depende el usuario que seas. Cambiarle el firm a uno libre, si que lo veo más recomendable
Lo de la alarma, añadir alarma, sonido de alarma y arriba a la derecha tienes una doble corchea que te lleva tus canciones y la eliges.
Apps, ahí ya me pierdo, depende para lo que necesites
. Busca en blogs las apps más útiles que suelen poner muchas dependiendo lo que busques y pruebas