A ver; si hiciste el backup JUSTO después de flasear, y lo restauras, evidentemente te dejará el teléfono como lo tenías al terminar el flaseo, pero vamos, no había oído que nadie hiciese nada semajante, en fin...
Supongo que entonces sería más fácil hacer un wipe data factory reset que TE DEJA EL TELÉFONO IGUAL QUE CUANDO LO ACABAS DE FLASEAR, pero si llevabas JVU, te la dejará con el kernel que lleva por defecto, o sea, sin Root ni CWM.
Lo de flasear el mismo kernel que llevabas al hacer el backup es para asegurarte de que el Backup es compatible con el recovery con el que vas a restaurarlo... Podría ser que un backup hecho con Mackay se pueda restaurar con el recovery del Semaphore, pero para curarse en salud, mejor restaurar con el mismo kernel, que luego quedarse en loops y cosas raras que lo único que sirven es para romperte los nervios.
Espero haberte aclarado algo el tema.
Taluego!!