Una cosa es limpiar o restaurar la rom que lleves y otra limpiar la sd..
si lo que quieres es limpiar la sd..no te queda más remedio que hacerlo manualmente eliminando todo aquello que te sobre en la sd..
copia primero todo lo que tengas en la sd en el pc y luego vas borrando todo lo que no quieras...
por último te vas al recovery y hacer un wipe caché