Definición rápida y para que se entienda: el kernel forma parte del sistema operativo, y se encarga de que se entiendan los programas con el hardware del dispositivo.
Debido a esto, es donde mayor rendimiento se puede ganar o perder en el sistema en general.
Un buen kernel puede hacer al móvil más rápido, y que aún así, consuma menos batería.
Lo de cuál es mejor y peor.. hay que enfocarlo desde otro punto de vista. No todos los kernel son compatibles con todas las roms. Muchas roms necesitan un kernel específico.
Si vas a instalar una Rom con Sense, ahora mismo prácticamente sólo puedes elegir entre el kernel stock (el original del teléfono), o el Elite, que bajo mi punto de vista, es más rápido, más fluido, gasta menos batería, y tiene ventajas como el S2W (encender la pantalla deslizando el dedo por los botones capacitivos).
Si vas a instalar una Rom AOSP/CM/AOKP tienes que instalar su kernel específico, por ahora.