Yo, de momento, no me voy a preocupar demasiado por el tema. Si me he hecho root, es principalmente para poder instalar ciertas aplicaciones. De nada me sirve ser superusuario si luego no voy a instalar las aplicaciones que pueden sacarle partido a esa condición.
En mi caso, estoy casi convencido de que el causante del estado "modificado" es el Android Firewall, al que se le conceden permisos en cada reinicio (sale un mensaje informativo al iniciar el teléfono, tras introducir el pin y el patrón de bloqueo). Pero no estoy por la labor de renunciar a esa app.
Espero que si algún día necesito llevarlo al SAT, el teléfono no esté tan jodido como para impedirme hacer un reseteo de fábrica y dejarlo en estado "normal".