Hola; a mi me pasó algo parecido. Modifique los cuatro archivos (framework-res.apk, lidroid-res.apk, SecSettings.apk y SystemUI.apk); para dejarlos, esteticamente, tal cual mi gusto. Les cambié los permisos para dejarlos iguales a los originales (que guardé, por si las moscas).
Hasta allí, todo bién (bahhh, según mis parámetros estéticos); pero al querer modificar el color de las letras del reloj..., me di cuenta que los UPDs, no hacían nada. Es decir, que se instalaban perfectamente, pero no producían cambios; obviamente hice wipes dalvik / cache y fix permision. Esto me pasó con algunos (repetí la operación varias veces para cada uno de ellos).
Hasta que instalé la versión final del HCTRom; y, basandome en el UPD que cambiaba las letras del reloj a color verde, me armé uno própio con todos los PNGs de cada uno de los archivos que quería cambiar; y ahora funciona de maravillas.
