Es que cuando pones una ROM JB viniendo de la 2.3.6, el móvil lo primero que hace es cambiar el CWM.
Si este ROM lleva el Kernel semaphore, se quedará la pantalla con la imagen de este Kernel.
Quita la batería, entra en CWM, haz los Wipes y dormats pertinentes y vuelve a flashear la ROM.