Los tres wipes desde el Recovery y instalar directamente la ROM, si estas en el mismo firmware GB o si subes a Ics no debes tener pegas. Ahora bien para pasar a JB mejor lee bien antes el proceso de instalación. Y si se trata de downgrear (bajar de firm. a uno anterior) que no creo que sea tu caso, entonces si que no te queda otra que empezar de cero.
Los datos que no quieras perder mejor siempre tener una copia en el pc.
Y si te instalas el titanium casi que podrás recuperar la mayoría de cosas previamente haciendo una copia de seguridad.