pues que raro.
hasta ahora se sabe que en algunos casos al flashear o liberar se corrompe la carpeta efs, quedando un imei generico. pero que pase siempre eso es lo raro.
y has probado a hacer esto?:
-copia la carpeta efs cuando tengas el imei correcto y guardala en sitio seguro.
-luego flashea como quieras y cuando veas que el imei se queda mal simplemente vuelve a copiar/ pegar la efs guardada en su origen , sustituyendo la efs mel por la buena.
- esto lo tienes que hacer roteando el movil despues del flasheo e instalando rootexploer .

puedes probar ademas otra cosa y siempre con la copia buena efs.:

-cuando tengas bien el movil instala mobileodin ( root ) y actualiza con el sin hacer wipes ni nada.