¿Haces bien la calibración de la batería?
Es decir, si la haces con la app de Battery Calibration, ¿esperas a que te marque 4200 mV?
De no ser así, es que haces la calibración de la batería cuando esta aún no está completamente cargada, y de ahí el error en los marcadores del porcentaje de la batería.
Si por el caso contrario si que lo estas haciendo bien, no sé qué puede ser... Yo te recomendaría en este caso probar a flashear de nuevo, empezando desde 0.
Un saludo.