Con el TWRP hay 5 cosas que wipear:
-cache
-dalvik cache
-factory reset
-System (esto es la ROM, lo que dices querer wipear)
-Internal storage (esto equivale a la SD!!)
La que NO debes wipear, porque es el equivalente a la tarjeta SD, es el Internal Storage.
Al instalar una nueva rom, se debe hacer wipe en todo EXCEPTO Internal storage.
Es más, la Rom que quieres instalar, la habrás copiado en algún sitio del "internal storage", y como hagas wipe en él, no podrás flashear el zip, pues lo habrás borrado!
Un saludo.