Bueno pues después de estar toda la maldita tarde con el puñetero movil al final lo hemos conseguido después de restaurar tres o cuatro veces de fabrica y volver a configurarlo todo y ala de repente te metes en ajustes y otra vez modificado. El problema por lo menos en mi caso es una aplicación paragon ntfs, no se que es lo que hace esa aplicación o que modifica pero era la causante del problema. He restaurado tres o cuatro veces la primera pues he restaurado la copia que tenia con el titanium y cuando voy y miro otra vez lo mismo. La segunda ya no he metido ni natos de cuenta ni nada solo por probar y mirar a ver que pasaba y he vuelto a hacer lo mismo no sea que hubiera hecho algo mal la primera vez y de nuevo lo mismo. Despues ya he ido con mas cuidado y he empezado a instalar aplicaciones sobre todo las que necesitan root por ir probando e instalando de una en una y reiniciando el movil por ver si sufria cambios ya que si no reiniciaba no entraba en modo modificado. He probado el titanium y nada esa no era he probado luego ya el root explorer y tampoco luego ya probe esta que os he dicho la de paragon ntfs y coño dispositivo modificado. La he desinstalado le he pasado el triangle away para que me quitara lo de modificado y esta vez si que ha resultado y en modo dowldoad ya aparecia como tiene que aparecer system status oficial, pues he vuelto a restablecer de fabrica y ya si he metido todo por orden y he restaurado una copia del titanium menos esta app y cuando voy veo de nuevo que aparece modificado pues he vuelto a pasar el triangle away y listo. El que me apareciera modificado despues de restablecer la copia de seguridad con el titanum yo le hecho la culpa a que esa copia se hizo cuando el dispositivo estaba asi pero tampoco os lo puedo confirmar, dentro de un ratito os lo confirmo si era por eso o no ya que voy a hacer una copia ahora despues que tenga todo ya instalado y configurado y luego la vuelvo a restaurar a ver que pasa.
Perdón por el tostón pero si puedo ayudar a alguno que sea por el mismo motivo me alegro que lo mismo no es necesario restablecer de fabrica sino solo mirar que app es la que te esta fastidiando y si teneis instalado esta que tenía yo pues hacer la prueba que puede resutar