La verdad es que se agradece lo bien que te as explicado, pero una 4.1 arranca mas rapido que una 4.0 seguro y es raro lo que te ocurre. Mi rom esta basada en la BLK9 y en principio no hace falta hacer wipes, pero antes de que borres datos prueba un wipe dalvik-cache, dentro de advanced en el CWM y si ves que va igual, pues prueba con los wipes normales. Normalmente suelen arreglar los problemas, pero no es algo "exacto", hasta que no lo pruebes no lo sabremos.
Hagas lo que hagas comentanoslo, haber si se soluciona o no. :-D