Para los que movieron las Aplicaciones a la partición externa recomiendo hacer un respaldo de App y datos y comenzar desde cero, flasheando la rom, después el script y formatear la partición (todo desde el recovery.
Para recuperar las aplicaciones y datos de manera rápida utilizo lo siguiente (esto lo encontré por prueba y error, no esta en ningún post que yo me acuerde haber leído):
El respaldo de las App se puede hacer con el root explorer haciendo zip solo la carpeta APP que se encuentra en la raíz dentro de la carpeta DATA/ (DATA/APP/), asi mismo los datos que se encuentran dentro de la carpeta DATA que a su vez esta dentro de DATA/ (DATA/DATA/).
Posteriomente en la rom ya con el script trabajando, descomprimo esos zips con el root explorer en la sd y copio el contenido de cada carpeta en particular, a su lugar correspondiente (las App en la carpeta DATA/APP/ y los datos dentro de DATA/DATA/), posteriormente reinicio
A mi me ha funcionado solo en ICS ya que este, actualiza datos y App en el arranque
También para mover o copiar los contenidos de lo que se descomprimio en la SD, lo he realizado desde el recovery con el aroma file manager y lo hago de manera similar.
el fin es dejar las carpetas con el contenido que tenían antes de realizar el flasheo de la rom nuevamente
solo expongo lo que he realizado en mi wildfire para cuando salto de una rom a otra, y realizo la restauración manualmente (aunque se puede utilizar el romtoolbox u otro para hacerlo de manera automática) las versiones de ICS para nuestra wildfire son 4.0.4 asi que restaurar datos y App no deben de tener incompatibilidad
la cuenta de google y otras (correo), las tienes que dar de alta manualmente en cada rom (recomendable hacer esto primero que otra cosa)
Perdon si me he extendido.