Es lo que pasa al usar Link2sd, tienes que tener cuidado de lo que borras o no y no andar haciendo experimentos. Aconsejo prudencia en ese sentido y solo eliminar aquello de lo que sabes que puedes prescindir.
Volver a modo de fabrica ya no sirve porque has dañado los ficheros de sistema y el modo fabrica es como resetear el movil a valores iniciales pero si ya no tiene intacta la imagen original, no la puede recuperar tal cual.
De todos modos tiene solucion, ve a la seccion de ROMS y desarrollo del foro, busca la ROM que usas (supongo que será alguna de las oficiales) e instalala de nuevo totalmente siguiendo las instrucciones y haciendo los wipes correspondientes.