Te la puede crear en cualquiera de las dos. Yo utilizo la interna para las copias de la ROM primaria y la externa para la ROM secundaria y asi no me equivoco (que antes se me olvidaba cambiar el nombre del backup y luego no sabia cual era de cual).
Lo mismo el cyandelta utiliza algo del recovery y crea la carpeta (tal vez deje alli los datos para saber que actualizar y que no de las nuevas versiones), echale un ojo dentro para ver que te encuentras (carpetas, archivos, etc...).
En una epoca el backup se hacia igual que la actualizacion del cyandelta, hacia una copia con todos los datos y luego solo hacia copias pequeñas de lo nuevo (creo que se puede volver a activar con alguna opcion). Tal vez cyandelta se aprobeche de esto tambien para hacer la actualizacion de la ROM y el mismo cree ese tipo de backup.
No te puedo asegurar nada por que no uso esa forma de actualizar, mas que nada por que suelo actualizar de las MCM10.1 en lugar de CM10.1.
