A ver, si quieres te lo explico, pero al rootearlo creo que siempre te van a "poder" dar problemas con la garantía.
Hay formas para dejarlo al estado de fábrica y que no se den cuenta, pero eso ya es meterse en jaleos que no parece que tengas intención de meterte.
De todos modos si sólo quieres la multiventana para trabajar con pdf, yo trabajo así para la universidad, el ezPDF tengo entendido que ya la integra por sí mismo sin tener que instalar nada más y es genial para tomar apuntes encima de los pdfs, subrayar, anotar y todo eso.
Si ves que necesitas otro, en el post de multiwindows hay unos cuantos programas que subimos modificados ya, que al instalarlos desde la sd (te lo bajas del foro, lo pasas a la sd, lo buscas con el explorador de archivos de la note y lo instalas y listo).
Ten en cuenta que para la multiventana, la mayoría de las apps las tienes que abrir desde esa misma sección de la note, la especie de flechita que aparece abajo de la pantalla, ahí le das a editar y seleccionas los programas que quieres que te salgan desde ese acceso directo.
Un saludo, y suerte con el master!