A mi me paso algo similar, pero sólo con las fotos, así que me metí en la carpeta DCIM/.thumbnails y en esta carpeta elimine todos los archivos. Luego reinicie y tras encender y estar todo cargado, entre en la galería y me aparecían todas las fotos en negro. Tras unos segundos empezarán a mostrarse la previsualización de las fotos, volviendo a generar todos los archivos de nuevo.
Espero que con este te aparezcan todas las fotos que estén por lo menos en la carpeta DCIM.