Si quieres poner una versión limpia, tienes que hacerlo por flashtool, ergo la memoria interna se formatea, la SD no. Si quieres probar a actualizar por PC companion no perderás nada, pero este teléfono con ICS oficial de compañía, igual no va tan bien. A mi personalmente me gusta más ICS estéticamente, y si rooteas ponle ICS y no hay problema.
Si en principio no quieres perder nada y quieres probar, actualiza por PC companion y pruebas. De flashear después siempre estás a tiempo.
Un saludo