Claro, claro. Siempre a una memoria externa. Así evitas posibles problemas.
Puedes hacer el backup en la SD interna también y luego copiar el backup a tu pc, a la hora de restaurar haces el paso inverso y listo.
Así lo he hecho yo hoy mismo con MyBackup, imagino que con titanium podrás hacerlo de la misma manera.